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适时收获甘薯收获过早，产量较低；收获过晚，易遭受冻，影响贮藏。所以，一般最好在气温18℃左右时开始收获，气温在10℃以上时(即枯霜期前)收获完毕。一般先收切干用的春瓜地，再收作种用的夏甘薯。
精选瓜块在收获选留好甘薯品种时，一定要精心刨割，避免外伤。为了多出苗、出壮苗和降低成本，应选块根150至200克的瓜块作种。所选的瓜块要无病、无涝害，还要具有本品种的典型特性。收获时，最好早晨割秧，上午收刨，下午入窖。
入窖贮藏用大屋窖或地窖贮藏，瓜种入窖前要对旧窖严格消毒，如用50%多菌灵600倍液或5%安索菌毒清水剂500倍液等喷洒瓜窖消毒。存放甘薯时，每存一层甘薯，就用“甘薯保险剂”稀释液均匀喷洒一遍。现将大屋窖贮藏甘薯的特殊管理措施介绍如下：瓜种入窖前期(入窖15至20天)，应先加温18至24小时，使窖内温度达到35℃至38℃，保持四昼夜。以后打开天窗，排湿降温，经18至24小时，使窖温降至15℃；贮藏中期(入窖后20天到第二年春2月初)，主要是保温、升温，以防止瓜种受冷害，此时的窖温应稳定在12℃至13℃；贮藏后期(2月初到育苗)及时开窖检查，排除多余的二氧化碳。用以上方法储藏的甘薯，保鲜时间长，甘薯完好率达96%以上。
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